牡丹區按照提升老城區，規劃牡丹新城區，開發萬福河兩岸現代商貿物流區，建設西安路和青年湖周邊的生活休閑區，做靚昆明路沿線行政商務區的整體目標，大力推進了城鎮化進程。今年以來，牡丹區新啟動丈量片區18個，新開工18個，在建48個，累計面積近1600萬平方米。開工建設了毅德新城、萬福農貿城、魯商鳳凰城、御河丹城、萬家新城等一批城建項目。綠地集團城市綜合體、聰慧集團文化綜合體、中北集團菏澤CBD等多個項目正在快速推進中。即將竣工的牡丹園東片區工程，規劃建筑面積165萬平方米，將成為集金融貿易、牡丹觀賞、辦公居住等多功能于一體的現代化新城區。  

牡丹區通過培育特色產業集群，建設商貿物流市場，加速推進了城市的膨脹發展。牡丹區著力打造的萬福河商貿物流區包括中國牡丹商貿城、毅德新城、森博國際家居商貿城、萬福農貿城、居然之家五個重點項目，建成后，將成為輻射魯蘇豫皖四省交界地區的商貿物流產業集群。其中，毅德新城擬投資300億元，將建成集商品批零市場、物流配送中心、物流信息平臺、電子商務、星級酒店、會展中心及生活配套服務等多功能于一體的大型現代物流城。  

城市建設的擴張發展和商貿物流市場的急劇膨脹，帶動牡丹區服務業的蓬勃發展。目前，僅城區的規模以上市場就發展到60余處，年交易額近200億元。已初步形成以東方紅大街和牡丹路十字交會為核心的綜合商貿、以牡丹商貿城為龍頭的百貨商貿、以魯西南汽車城為代表的專業市場等10余個商業集群，市場經營日益紅火，帶動效應逐步彰顯。中國牡丹商貿城規劃建設300余萬平方米，其中百貨大市場和鞋城市場投入運營后，已入駐商戶5000余家，日均客流量近3萬人次，年交易額可達20億元，成為中原地區重要的商品集散中心，崛起為城市新地標。